Opactwo Munster, pierwsze opactwo w Luksemburgu, zostało założone w XIw. przez Conrada I, hrabiego Luksemburga jako prywatny klasztor i centrum religijne jego hrabstwa. Znajdowało się na płaskowyżu Altmenster, między Rybnym Rynkiem a obszarami Clausen. Do końca XIIw. pochowano tam wszystkich hrabiów Luksemburga. W poł. XVIw. opactwo zostało zniszczone, ale wcześniej opat zdążył zabezpieczyć relikwie i cenne przedmioty. Szczątki Jana Luksemburskiego zostały przeniesione do kościoła franciszkańskiego. Na początku XVIIw. otwarto nowe opactwo w rejonie Grund. Nazwano go Nowy Munster (lb. Abtei Neimünster), a poprzedni stał się w ten sposób Starym Munster (lb. Abtei Almünster).

W 1618r. zbudowano marmurowy grobowiec, w którym umieszczono Johna Ślepego. Po raz kolejny opactwo uległo zniszczeniu w 1684r. Został odbudowane w 1688r. i rozbudowane w 1720r.

Sekularyzowany po Rewolucji Francuskiej, obiekt był wykorzystywany jako więzienie i koszary. W 1805r. urząd opieki społecznej gminy wykorzystał opactwo do sierocińca, który działał do 1807r., kiedy wybuch prochu strzeleckiego zniszczył budynek. Po 1815r. opactwo służyło jako szpital wojskowy dla wojsk niemieckich konfederacji. W latach 1869-1985 opactwo ponownie pełniło funkcję więzienia, również w czasie II wojny światowej.

Od 1997r. w budynkach mieści się Europejski Instytut Szlaków Kulturowych, który uczestniczy w europejskiej polityce kulturalnej. Od 2013r. jest też siedzibą Centrum Kultury Spotkań Opactwa Nowy Munster (fr. Centre Culturel de Rencontre Abbaye de Neimënster), w którym odbywają się koncerty, wystawy i seminaria. W krużganku opactwa, nazwanym imieniem luksemburskiego rzeźbiarza Luciena Wercolliera, organizowane są wystawy czasowe.

Funkcje religijne spełnia nadal kościół opactwa benedyktynów (lb. Abteikierch Neimünster), nazywany potocznie Zielony Kościół (lb. Grënnesch Kierch) lub Młody Kościół (lb. Jangekierch), zaś oficjalnie Zielone Miasto Luksemburga (lb. Lëtzebuerg-Stadgronn) lub Kościół św. Jana (lb. Kierch Saint-Jean). W 1308r. Henryk VII zbudował kościół pw. św. Jana na Skałach (lb. Sankt Johann auf den Steynen), który w 1321r. stał się parafią. W 1606r. przebudowano kościół, a w 1618r. przekształcono go w kościół parafialny św. Jana. Do rewolucji francuskiej kościołem opiekowali się benedyktyni. Podczas oblężenia Francuzów w 1684r. kościół spłonął wraz z opactwem. Został odbudowany, a później przebudowany w latach w 1688-1705. W 1731r. otworzył go biskup trewirski. W 1953r. obiekt uznano za pomnik narodowy.